L’Athénée libertaire maintient une autonomie morale et financière à l’égard de l’Etat, des partis, des syndicats… Toutes les activités sont organisées de manière bénévole.
Plusieurs groupes participent à la vie de l’Athénée libertaire : le Collectif féministe non-mixte Ovaires et contre tout – la Librairie du Muguet – Survie